/html/RNA/index.html RNA实验 zh-cn <a href='http://www.5ibio.com' target='_blank'>Power by DedeCms</a> jurgenyan##yahoo.com.cn /html/RNA/RNAi/20071028/13674.html RNA interference (RNAi) is a biological process in which the introduction of double-stranded RNA (dsRNA) into a cell results in targeted post-tranional gene silencing 2007-10-28 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20071028/13673.html 靶siRNAA序列选择是RNAi实验成败的关键。哺乳动物细胞RNAi实验中，使用最广泛且最有效的是21bp siRNA。siRNA由正义链和反义链组成，两条链3’端均有2个碱基突出，一般为UU或dTdT，其中正义链的前19nt与靶基因序列相同 2007-10-28 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20071028/13672.html RNAi的免费文献资料 2007-10-28 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20071028/13671.html dxy中关于RNAi的精华资料贴 2007-10-28 RNAi 秩名 dxy /html/RNA/RNAi/20071028/13670.html RNAi基础知识介绍 Rnai 最近由于RNA干扰（RNA interference，RNAi）的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的（1），是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在R 2007-10-28 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20071018/12920.html Trypsinize, harvest and resuspend cells at 107/ ml in 10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 10 mM EDTA. Add SDS and Proteinase K to a final concentration of 0.5% and 200 &micro;g/ml, respectively. Mix and incubate at 55°C for 2 hours. Add NaCl to a final conce 2007-10-18 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20071018/12919.html The Ribonuclease A (RNase A) is an endoribonuclease that specifically degrades single-stranded RNA at C and U residues. It cleaves the phosphodiester bond between the 5'-ribose of a nucleotide and the phosphate group attached to the 3'-ribose of an 2007-10-18 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20071018/12918.html RNA酶污染是全体从事RNA相关实验的人员的头号公敌。即使是100度高温或者是高压灭菌也不能完全灭活无孔不入的RNases。因而相关的实验中往往要用到RNA酶抑制剂。最常用的RNA酶抑制剂Human Placental ribonuclease inhibitor（HPRI）是一种蛋白质，可与多种RNA酶（包括RNas 2007-10-18 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20071018/12917.html 小分子干扰RNA(Small interfering RNA，siRNA)是一种非常有效的工具，能够在包括哺乳动物细胞在内的多个体系中抑制特定基因的表达，从而研究某个基因的功能或者是相关信息。但是这种强有力的方法的难题之一是需要设计，合成siRNAs和验证其效果，从而找到最有效的siRNAs 2007-10-18 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAbase/20070818/12367.html 从黄化小麦苗中提取总RNA，可以为cDNA文库的构建做好准备。我们重点是要保证RNA的完整性、产率、防止修饰和纯度，尤其是完整性、防止修饰和纯度。RNA是单链，2’OH是它的化学性质远比DNA活泼。所以，提取RNA颇为不易。加之RNA得不均一性，要将所有的RNA（rRNA、tRNA、mR 2007-08-18 RNA基础 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070810/12247.html 为了找到潜在靶位点，扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA 3’端19个核苷酸作为潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析，去除那些与其它基因明显同源的靶位点。如果可能，siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计 2007-08-10 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070810/12246.html RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比RNA我们早前设想的更为重要。RNA干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识 2007-08-10 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070810/12245.html 体内表达shRNA的设计 1.克隆到shRNA表达载体中的shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。 2.两个互补的寡 2007-08-10 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070810/12244.html siRNA是一种短片断双链RNA分子，能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA，这个过程就是RNA干扰途径（RNA interference pathway）。RNAi 的应用包括功能基因组学，药物靶筛选，细胞信号传导通路分析等等 2007-08-10 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070810/12243.html RNA是生物体内最重要的物质基础之一，它与DNA和蛋白质一起构成生命的框架。但长久以来，RNA分子一直被认为是小角色。它从DNA那儿获得自己的顺序，然后将遗传信息转化成蛋白质。然而，一系列发现表明——这些小分子RNA事实上操纵着许多细胞功能 2007-08-10 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070810/12242.html dicer酶切的siRNA（d-siRNA）导入细胞后，由于d-siRNA库中通常都有好几种有效的siRNA序列，它们在起始RNAi反应尤其有效。然而目前还没有方法确定在这个库中起作用的特异的序列 2007-08-10 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070810/12241.html 检测基因特异阻断的最常用的方法是进行westernblot分析，比较导入siRNA前后蛋白表达水平的变化。在一些情况下可能使用检测报告子基因的报告子系统例如β-半乳糖苷酶。也可以应用实时PCR 2007-08-10 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070810/12240.html RNAi是在研究秀丽新小杆线虫（C.elegans）反义RNA（antisenseRNA）的过程中发现的，由dsRNA介导的同源RNA降解过程。1995年，Guo等发现注射正义RNA（senseRNA）和反义RNA均能有效并特异性地抑制秀丽新小杆线虫par-1基因的表达，该结果不能使用反义RNA技术的理论做出合理 2007-08-10 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070809/12239.html 基因敲除和转基因动物是功能缺失表型研究的主要方法。然而，获得这些动物是一个漫长而且费用昂贵的过程，同时很多基因的缺失会导致胚胎致死表型，使得基因敲除变得不再可能 2007-08-09 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070809/12238.html RNA干扰(RNAi)是生物界普遍存在的一种抵御外来基因和病毒感染的进化保守机制.RNAi是由双链RNA触发的转录后基因沉默机制,具有序列特异性,在哺乳动物细胞中,RNAi由21～23个核苷酸组成的双链RNA引发.小干扰RNA(siRNA)可以在体外合成或通过表达载体在哺乳动物细胞内合成 2007-08-09 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070809/12237.html 在植物、昆虫、原生动物体内都发现了自然存在的RNAi现象，实验表明通过目的基因序列的双链RNA可以诱导产生基因沉默现象。要制备较长的dsRNA，最简单的方法就是体外转录合成双向的RNA 2007-08-09 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/transcription/20070808/12228.html 为了弄清楚蛋白与基因序列结合的精确位点，需要利用基于抗体的实验。目前已经有了一些方便快捷的分析试剂，可以有力的帮助进行转录研究分析，其中有一些适用于发现型（筛选多种因子），有一些用于证实猜想的。当然这些总是从初期的工作，进入精细进一步的研究工作。 2007-08-08 体外转录 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070807/12224.html PTGS转录后基因沉默（posttranscriptionalgenesilencing）；一种首先在植物中确定，然后发现在动物中也存在的现象。尽管PTGS最初被描述作一种病毒防御和转位子沉默的内源方法，现在它已经成为一种新的令人激动的研究工具――RNAi干扰 2007-08-07 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAbase/20070807/12223.html 从文献报道上看，有许多植物就是由于未能有效地分离纯化其组织中的RNA，而阻碍了其分子生物学方面研究的进展。一般认为在这些植物组织中，或富含酚类化合物，或富含多糖，或含有某些尚无法确定的次级代谢产物，或RNase的活性较高。在完整的细胞内这些物质在空间上与核酸 2007-08-07 RNA基础 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAbase/20070807/12221.html 最糟糕的心态-实验失败了，抱怨试剂不好。实验人员本来是应该拥有修正主义、机会主义、怀疑论等诸多“不完美的”意识，所以一定要用“完美的”自我批评意识来平衡。我为什么没有一双慧眼选择可靠的供应商？我为什么不做预实验检测所购试剂 2007-08-07 RNA基础 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070805/12218.html RNA沉默是广泛存在于生物中的一种古老现象，是生物抵抗异常DNA的一种保护机制,同时在生物生长发育过程中扮演着基因表达调控的角色。文章对RNA沉默研究中的几个热点问题进行了介绍 2007-08-05 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/transcription/20070729/12194.html 从真核生物的组织或细胞中提取mRNA,通过酶促反应逆转录合成cDNA的第一链和第二链,将双链cDNA和载体连接,然后转化扩增, 即可获得cDNA文库,构建的cDNA文库可用于真核生物基因的结构、表达和调控的分析;比较cDNA和相应基因组DNA序列差异可确定内含子存在和了解转录后加工等 2007-07-29 体外转录 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070723/12177.html T细胞是流通于血液中的重要免疫细胞，并且在自身免疫疾病、传染疾病和一些癌症中起到重要作用。之前的一些研究显示，T细胞很难利用RNAi技术进行改造，因为它比其他类型的细胞活动性等大。这种新方法获得的结果可与利用合成小干扰RNA的传统技术想媲美（传统技术非常昂贵 2007-07-23 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/20070605/11853.html 真核生物的基因组是DNA，为什么不直接从DNA PCR得到我们需要的基因呢？因为真核生物的基因含有大量的非编码区，称为内元（intron），真正编码蛋白的区段是被这些内元隔开的，这些编码区叫做外元（exon）。真核生物的DNA转录成为RNA之后，经过剪切和拼接，去掉这些非编码 2007-06-05 RNA实验 秩名 生物实验网 /html/RNA/transcription/20070528/11845.html 准备工作： 1、研钵、5ml/10ml/ 25ml移液管、100ml/250ml量筒、250ml/100ml容量瓶、药匙、 试剂瓶等玻璃制品均用锡纸包裹口部，置于烤箱内,180℃，烤6小时。 2、50ml/1.5ml离心管、枪头等塑料制品用0.1‰DEPC水浸泡过夜后，121℃ 20mins 高压灭菌。 2007-05-28 体外转录 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070420/11699.html 授予siRNA类似药物的属性 化学稳定性的胆固醇共聚的siRNA 显著的改善了其在体内和体外的药物属性。 化学稳定性增强的方法：对正义和反义链进行部分的phosporothioate backbone和 2’－O－methyl sugar 修饰，增加其在血清中和组织匀浆中对核酸内切酶和外切酶的抗性。 2007-04-20 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070420/11698.html 1.siRNA实验应该有阴性对照；2.通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照；3．Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性；4．阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。 2007-04-20 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070420/11697.html 软件设计中的几个关键步骤如下：A． 进入Gene Bank 调出指定基因序列；B． 根据特定的一些规则选出一个基因片段；C． 再根据一些规则写出正义和反义两段各 21个碱基的序列；D． 最后通过反转，替代，空格得出最后结果。 2007-04-20 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070420/11696.html About RNAi on CGAP The NCBI is part of the consortium supporting the preparation of human and mouse libraries containing RNAi constructs that target cancer-relevant and other genes. The clones, prepared in the laboratory of Greg Hannon of Cold Sprin 2007-04-20 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070420/11695.html 大部分脱靶效应具有siRNA序列特异性,低浓度也可能产生脱靶效应，不仅仅是高浓度能产生脱靶效应的假象。 脱靶效应在蛋白和mRNA水平同时考虑进行分析，要缜密分析和确定分析的时间点。 2007-04-20 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070412/11599.html 将氯化钙，RNA(或DNA)和磷酸缓冲液混合，沉淀形成包含DNA且极小的不溶的磷酸钙颗粒。磷酸钙-DNA复合物粘附到细胞膜并通过胞饮进入目的细胞的细胞质。沉淀物的大小和质量对于磷酸钙转染的成功至关重要。 2007-04-12 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070412/11598.html RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”，但越来越多的证据清楚的表明，RNA在生命的进程中扮演的角色远比RNA我们早前设想的更为重要。RNA干扰（RNA interference）的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识，更因为可以简化替代基因敲除而成为研究基 2007-04-12 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAi/20070412/11597.html 近年来的研究表明，将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing, PTGS)被称为RNA干扰（RNAi）。 2007-04-12 RNAi 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAbase/20070412/11595.html 近年来的研究表明,一些小的双链RNA可以高效、特异的阻断体内特定基因表达，促使mRNA降解，诱使细胞表现出特定基因缺失的表型，称为RNA干扰（RNA interference，RNAi，也译作RNA干预或者干涉）。它也是体内抵御外在感染的一种重要保护机制 2007-04-12 RNA基础 秩名 生物实验网 /html/RNA/transcription/20070318/11100.html 如果你的研究课题也是寻找易感基因，那么SNPs是一种比较而言可行而且高效的方法，这主要是因为它有几个优点： (1) SNPs在基因组中的分布（每500-1000个碱基就有一个标记）无论是比较于RFLP限制性片段长度多态性分析还是STR微卫星标记（6000-7000多个Markers），都要广泛 2007-03-18 体外转录 秩名 生物实验网 /html/RNA/transcription/20070318/11099.html 这些对于转录活性的影响来自于转录因子与基因的调控区域：如启动子、增强子、沉默子等结合达到的。经典的凝胶迁移滞后试验（the electrophoretic mobility shift assay）已经成为证明某种蛋白能与特定的短基因序列结合的有力方法手段。但是凝胶迁移滞后试验具有速度慢， 2007-03-18 体外转录 秩名 生物实验网 /html/RNA/transcription/20070307/9999.html An algorithm for prediction of conserved secondary structure of single-stranded RNA is presented. For each RNA of a set of homologous RNAs, optimal and suboptimal secondary structures are calculated and stored in a base-pair probability matrix. A mul 2007-03-07 体外转录 秩名 生物实验网 /html/RNA/20070114/2669.html RNAase Dissolvein50mMKACpH5.5 Heatto100 o Cfor15minutesandcoolslowlytoroomtemperature Storeat-20.(commonfreezerforstocksolutions) 2007-01-14 RNA实验 秩名 生物实验网 /html/blotting/northern/20070114/2658.html The gel conditions (1% agarose, 1X MOPS, 6.3% formaldehyde) are designed for ~4 hours of electrophoresis 2007-01-14 northern杂交 秩名 生物实验网 /html/RNA/20070114/2657.html RNAIsolation-Volumesandweightsarefor10mlcultures(1-2x10 7 cells/ml). Spindowncells,decant,andresuspendin0.2mlextractionbufferwithSDSandtransfertoa1.5mleppendorftube.Thecellscanbefrozenat–70 o Catthi 2007-01-14 RNA实验 秩名 生物实验网 /html/RNA/transcription/20070114/2651.html For the following reactions, use appropriate shielding and dispose of radioactive waste properly 2007-01-14 体外转录 秩名 生物实验网 /html/RNA/transcription/20070114/2650.html Wear gloves throughout, use RNAse free solutions (either autoclaved or sterile filtered) and clean bench and pipetmen with 95% ethanol before use to eliminate any stray RNAses 2007-01-14 体外转录 秩名 生物实验网 /html/RNA/20070114/2646.html RunningNuPAGEGels 1.SelectthedesiredRunningBuffer(MOPSworksfor200to14kDaandMESfor60to2.5kDa)andmakeup800mlusingthe20Xstocksstoredat4degrees. 2.Removeprecastgelfrombag,rinsewithwater.Peelofftapeonback 2007-01-14 RNA实验 秩名 www.fhcrc.org /html/RNA/20070114/2645.html NatalyaYudkovskyandJeffRanish HahnLab2000 TemplatePreparation WashDynabeadsM-280Streptavidin(Dynal)2Xin400ul TE(pH7.5)+1MNaCl . Resuspendbeadsin TE(pH7.5)+1MNaCl and 0.1%NP-40 toafinalconcentrationof 2007-01-14 RNA实验 秩名 生物实验网 /html/RNA/RNAbase/20070109/2573.html RNA提取方法 2007-01-09 RNA基础 秩名 生物实验网