/html/DNA/index.html DNA实验 zh-cn <a href='http://www.5ibio.com' target='_blank'>Power by DedeCms</a> jurgenyan##yahoo.com.cn /html/DNA/genome/20080802/17725.html SNP是单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism ）。一般来说它是双等位基因的，就是说一个位点，人群中大部分人是A碱基，那么还有一部分人是T碱基，一般不会是C或者G了，这是一般的规律，没有什么好解释的。 举个例子，一个人是正常人他的某一条染色体一段序列 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17726.html 丁香园网友yxbo21021提出： SNP的研究在当前仍然可以用入火如荼形容，一方面是各大数据库可以方便检索到几乎任何一个基因的SNP分布及其频率，另一方面SNP的功能研究有非常大的研究空间和前景，这应归于许多SNP的流行病关联研究重复性差，因此只有在功能上对其阐述才能 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17723.html snp现有检测技术有主要的3大类别 1、测序 主要发现新的snp位点和比较集中的snp位点，如hla区域，但成本较高，工作量大，不适合大样本做疾病关联分析。 2、taqman探针 结果比较可靠，国外文章也大量应用，不过对于国内成本偏高，同类还有snpshot技术，abi和贝克曼都相应 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17724.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17722.html 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17721.html 对于SNP 研究，我个人的感觉是：曾经非常的热过，而现在，似乎有些降温。 这种降温在国内的研究领域内主要表现为：SNP研究做得非常多，甚至有些滥了，就象前面有的战友说的，随便做点PCR就可以在国内的杂志发文章了，文章太多太滥，没有多大的价值。 对于国外SNP研究领 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17720.html 用以检测T2DM的众多候选基因突变所需要的技术，既要求能够自动化、高通量进行，也要求除PCR之外，勿需进行PCR引物修饰、购买特殊试剂、检测标记信号或作其它的样品处理；而目前已有的许多DNA突变分析技术诸如单链构象多态性 (single-strand conformation polymorphism 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17718.html 其实是一种段片段焦磷酸测序技术，在测序引物的引导下，完成段片段（含snp）的测序，从而实现基因分型。缺点：不能检测长片段，对于重复序列没有办法。 原理简介 1.测序引物与单链，PCR扩增的DNA模板相结合。然后将其与DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和三磷酸腺苷双 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17719.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17717.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17745.html SNP detection and scoring methods are many and various. Two recurrent themes are elegant simplicity and advanced technology. An effective method recently developed by the HGBASE team is Dynamic Allele-Specific Hybridization. Currently, most procedur 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17743.html 假设样本数为35： 1、采用测序方案：测序一类的公司都可以，生工，英骏，奥科等，你提供PCR产物，他们进行测序。 2、采用TAQMAN或MGB探针方案：基康，复旦悦达，联合基因等，强烈建议不要采用这种方案，特贵。 3、采用微测序方案：翼和生物。就是应用LDR连接酶的反应， 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17744.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17742.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17741.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17739.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17740.html 丁香园网友atcg提到： 1 、把蛋白序列对应的核酸序列找到。 2 、根据核酸序列做BLAST （对dbSNP数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snpblastByChr.html ）。 3 、结果中，可以得到你的序列上所以已知的SNP。 丁香园网友freedegree提到： 以编码5-hydroxytryptamin 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17738.html 以检索 NAT2的不同SNP的基因序列为例： 1、Genbank里的dbSNP数据库中有详细的信息，方法如下： （1）进入NCBI的主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ，然后，Search下拉菜单中选 SNP，搜索for NAT2。 （2）搜索了一下，人类的NAT2SNP数据库记录有279条，如下图所示，每 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17737.html 1，如果是检测基因的所有已知的SNP，那么首先要去了解并查询到这些SNP位点，SNP位点可以通过查询dbSNP数据库（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ ）和TSC（The SNP Consortium）数据库（ http://snp.cshl.org/ ），可以获知基因及上下游邻近序列的SNP位点。 2，至于挑 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17736.html 做SNP genotyping应该常看的几个database： 1. NCBI dbSNP 从这里出发可以连到下面几个网站。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=snp 2. International HapMap Project The International HapMap Project is a partnership of scientists and funding 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17734.html 基因芯片技术作为一种新兴的生物技术，近年来得到迅速发展，其应用具有巨大的潜力。单核苷酸多态性（SNP）作为新的遗传标记对基因定位及相关疾病研究的意义亦非常重大。本文主要介绍了DNA 芯片技术的原理和分类、单核苷酸多态性检测方法及DNA 芯片技术在单核苷酸多态性 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17735.html 关于snp位点的命名其实并不统一，大家在文献中一般用的都是习惯或者说惯用名称。具体表现在以下几种形式： 一、突变信息之间加上位置信息 主要有三种方式：比如说突变信息之间加上cDNA的位置，如C188T；突变信息之间加上DNA的位置，如A2546G；突变氨基酸信息之间加上氨 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17732.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17733.html 一般写法是这样: dbSNP后面跟featureID. featureID一般是rs/ss后跟7-8位数字， 比如: rs12345678或者dbSNP|rs12345678 以下是老鼠(Mus muculas)的1号染色体上SNP列表格式(部分)： ------------------------------------------------------------------------ #taxid ch 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17715.html 随着生命科学迅猛的发展，与之相适应的实验技术手段越来越复杂和专业化，对于科研人员实验技能要求也越来越高。由于生物学实验高度的复杂性、使得一个科研人员往往只能精通某一方向的实验。因此许多生物技术公司应孕而生，他们提供了许多专业的服务，其中最常规的技术 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17714.html 从总RNA中分离mRNA 采用Promega公司的PolyATract mRNA Isolation System III。 使用该试剂盒，mRNA产量极低，因此下述方法是以Promega公司试剂盒操作手册为基础，并采用储昭晖硕士(作物遗传改良国家重点实验室植物分子生物学水稻分室)所建议的改进方法综合而成。 由使 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17713.html 寻找标记SNPs 的国际遗传变异图谱计划，即国际单倍型图谱计划(Haplotype Map Project)已于2002年10月正式启动，2003 年中国承担了国际单倍型图谱计划10% 的任务，这表明我国基因科学研究能力的提高和在国际生命科学领域学术地位的提升。该计划的启动将为人类致病基因的 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17729.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17730.html SNP位点信息已知的情况下， 选择SNP的GENOTYPING的方法，主要根据你的经费情况设计，我分别给你分析一下现状： A、一般实验室： 经费一般， 仪器不具备时， 最多用的是以下两种方法： 1、 基于PCR的方法，也叫AS-PCR， (ALLELE-SPECIFIC PCR)的办法，园子里这方面的东 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17731.html SNP产生功能的机制目前罕有这方面的综述，但是做SNP的功能性研究的文献和方法层出不穷，NAT GENITIC 上几乎每期都有相关方法学的报道。但是对于具体产生机制我提一下本人的看法，希望大家补充。 1.对大多数SNP而言，都由于位于一些非编码区域而不产生明显的功能性影响 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17727.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17728.html 目前已有多种方法可用于SNP检测，如根据DNA列阵的微测序法、动态等位基因特异的杂交、寡聚核苷酸特异的连接、DNA芯片以及TaqMan系统等。但不管哪一种方法，首先必须进行靶序列的扩增，然后才能进行其它检测。 传统的SNP检测方法是采用一些已有的成熟技术，如DNA测序、 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17712.html 人类基因组中存在着广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。SNP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，SNP的数量大、分布广，在组成人类基因组的30亿个碱 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17711.html 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20080802/17710.html SNPs是指DNA序列上发生的单个核苷酸碱基之间的变异，在人群中这种变异的发生频率至少大于1%， 它是基因组中存在的一种数量非常丰富的变异形式，占人类基因组中遗传多态性的90％以上。针对不同人种基因组的测序结果表明，在人类群体中存在大约1000万个SNP位点，在公共数 2008-08-02 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/20080618/17686.html 1. 配好10 mM lysine，准备1ml DMF。 2. 样本要求，样本浓度在5-10μg/μl之间。样本可以根据其浓度稀释至该范围后再定量一次。样本需溶解在7M urea、2M Thiourea 、4%charps、30mM Tris-HCl pH8.5（4℃）中。 3. 配储液，染料复温5mim，离心使粉末落至管底。将染料溶 2008-06-18 DNA实验 秩名 生物实验网 /html/DNA/transfection/20071203/16514.html 转染:指病毒或以它为载体构建的重组子导入真核细胞的过程。转化:指质粒DNA或以它为载体构建的重组DNA导入细菌的过程。 2007-12-03 DNA转染和转化 秩名 生物实验网 /html/DNA/clone/20071110/14604.html 常用的ＤＮＡ连接酶有两种：来自大肠杆菌的ＤＮＡ连接酶和来自噬菌体的Ｔ４ＤＮＡ连接酶。二者的作用机理类似。 2007-11-10 DNA克隆 秩名 生物实验网 /html/DNA/clone/20071102/13680.html This technique can be used to isolate overlapping DNA fragments starting with a previously cloned DNA fragment that maps near a gene of interest (dark red). The walk is continued until a clone containing the desired gene is identified. In this exampl 2007-11-02 DNA克隆 秩名 生物实验网 /html/DNA/clone/20071102/13679.html DNA walks步移法 2007-11-02 DNA克隆 秩名 生物实验网 /html/DNA/clone/20071102/13678.html DNA步移法加速试剂盒由PCR酶混合物与用于捕获未知目标序列的高特异DNA Walking ACP (DW-ACP)引物组成。据此优化的PCR反应条件（以下称为DW ACP-PCR技术）可以获取长达3kb的未知侧翼序列 2007-11-02 DNA克隆 秩名 生物实验网 /html/DNA/clone/20071102/13677.html 2 kb is OK with TA cloning. I don't see any difficulties in direct sequencing. The only problem is you may not get the full sequence by two (using upstream and downstream primer) sequencing reaction. In that case, you have to design a new primer on 2007-11-02 DNA克隆 秩名 生物实验网 /html/DNA/clone/20071102/15862.html Such DNA walks transformations make it possible to show asymmetry in bacterial chromosomes and asymmetry of chromosomes in their coding properties, and enable distinguishing between the mutational pressure associated with replication and the mutatio 2007-11-02 DNA克隆 秩名 生物实验网 /html/DNA/genome/20071025/12925.html 建立一种人芳香二烷基磷酸酯酶(PON)基因丛等位基因快速分型法。方法　在Multiplex-PCR-RELP基础上，通过引物设计错配，在一体系中同时扩增分别含PON1-192、PON1-55和PON2-31l位密码子的DNA片段，当等位基因为PON1-192R/PON1-55L/PON2-31lS时，PCR扩增产物中均被引入唯一 2007-10-25 基因组学 秩名 生物实验网 /html/DNA/Purification/20071014/12915.html 小于100bp的片断通常在电泳时就比较难观察分辨，需要用分辨率很高的琼脂糖或者丙烯酰胺凝胶。比如Cambrex的NuSieve 3:1或者GTG，或者是大名鼎鼎的MetaPhor琼脂糖。所以实际上对于小片断，可以分为两种情况：一个是真的要回收电泳中特别小的片断 2007-10-14 DNA提取与纯化 秩名 生物实验网 /html/DNA/Purification/20071014/12914.html 大片段：指的是片段大小超过10kb的DNA片断，由于越长的DNA分子和纯化膜的结合力越强，洗脱力越差，在离心过柱时可能被“扯断”，因此常规的离心过柱的方法并不适合对付这些大家伙。在凝胶电泳的大片断回收，特别是几十kb的大片断，经典方法是电洗脱 2007-10-14 DNA提取与纯化 秩名 生物实验网 /html/DNA/Purification/20071014/12913.html 100bp—10kb的回收率高达80%—95%（用于PCR产物回收时适用于100bp—3.2kb的片断）；然后是每个柱子的载量高达40ug！低至10ng。可以容纳更多的DNA，满足一次大量片断回收的需求 2007-10-14 DNA提取与纯化 秩名 生物实验网 /html/DNA/Purification/20071014/12912.html 如果要回收片断量本来就很少，比如只有几十个ng，用常规的试剂盒洗脱得到将近50ul的产物，连接反应就很难做——要不体积很大，要不会觉得浓度太低。如果是用来做显微注射、标记等实验就更难受，只能再浓缩一次，不但麻烦，多一次操作也会导致产物进一步的损耗。 2007-10-14 DNA提取与纯化 秩名 生物实验网 /html/DNA/Purification/20071014/12911.html Qiaquick最引以为傲的就是非常稳定的质量，高回收率和方便的步骤。产品质量的稳定可靠，一向是实验首要条件。毕竟，实验步骤是环环相扣的，每一步出现问题都会导致后患无穷，费时费力，还更费钱，对心情更是一种折磨 2007-10-13 DNA提取与纯化 秩名 生物实验网 /html/DNA/Purification/20071013/12910.html 20世纪70年代是一个奠定现代分子生物学的时代，1973年冷泉港实验室的Joseph Sambrook和Phillip Sharp发明了利用琼脂糖凝胶分离DNA和EB染料观测DNA相结合的技术。现在，琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳是分离、鉴定和纯化核酸和蛋白质片断的标准方法 2007-10-13 DNA提取与纯化 秩名 生物实验网