捕获阶段：目标是澄清、浓缩和稳定目标蛋白。

  中度纯化阶段：目标是除去大多数大量杂质，如其它蛋白、核酸、内毒素和病毒等。

  精制阶段：除去残余的痕量杂质和必须去除的杂质。

分离方法的选择

    根据蛋白质的特殊性质采用不同的分离方法：

    每一种方法都有分辨率、处理量、速度和回收率之间的平衡。

    分辨率：由选择的方法和层析介质生成窄峰的能力来实现。总的来说，当杂质和目标蛋白性质相似时，在纯化的最后阶段分辨率是重要因素。

    处理量：一般指在纯化过程中目标蛋白的上样量。如上样体积、浓度等。

    速度：在初纯化中是重要因素，此时杂质如蛋白酶必须尽快除去。

    回收率：随着纯化的进行渐趋重要，因为纯化产物的价值在增加。

    在三阶段纯化策略中每一种方法的适用性见下表：

提示：

1、  通过组和各种方法使纯化步骤之间的样品处理减至最少，以避免需要调节样品。第一个步骤的产物的洗脱条件应适宜于下一个步骤的起始条件。

2、  硫酸铵沉淀是常用的样品澄清和浓缩方法，所以HIC是捕获阶段的理想方法。

3、  GF很适宜在由浓缩效应的方法（IEX、 HIC、 AC）后使用，凝胶过滤对上样体积有限制，但不受缓冲液条件的影响。

4、  在捕获阶段选择对目标蛋白具有最高选择性或／和处理量的方法

5、  如果对目标蛋白的性质了解甚少的情况下，可采用IEX-HIC-GF的方法组合作为标准方案。

6、  只要目标蛋白耐受的情况下，可以考虑采用RPC方法用于精制阶段。

注：应该指出，三阶段纯化策略不是说所有的策略都必须是三个纯化步骤。所用的步骤数目取决于纯度要求和蛋白的最终用途。

附：纯化工艺路线