第一章  绪   论

1．蛋白质组：

一个基因组内所有基因表达的全部蛋白质。的定义有什么不足。

蛋白质组：不同类型的细胞或同一个细胞在不同的活动，状态（时空）下，蛋白质组的蛋白质种类构成却很不一样。因此，蛋白质组的定义：一个基因组内所有基因表达的全部蛋白质。定义从字面上容易理解，但在实际中却很成问题。

2．如何理解从基因组－蛋白质组是一个复杂而漫长的里程。

①目前基因注释的方法还有较高的出错率，尤其对那些存在不连续基因(即在基因内插有非编码的核苷 酸序列)的复杂基因组。②假基因(pseudogene)的存在，这些假基因有和真基因相同的ORF，但却从不表达（已发现表达的假基因） ③RNA水平上遗传信息加工（RNA editing) ④蛋白质水平上遗传信息的加工（蛋白质剪接

第二章  蛋白质组成及结构

1、各种氨基酸的三字母符和单字母符。

甘氨酸-Gly, G  亮氨酸-Leu, L丙氨酸 -Ala, A  异亮氨酸-Ile, I  缬氨酸-Val, V脯氨酸    Pro, P苯丙氨酸-Phe, F酪氨酸-Tyr, Y色氨酸-Trp, W丝氨酸-Ser, S 半胱氨酸-Cys, C苏氨酸  Thr, T甲硫氨酸-Met, M天冬氨酸-Asp, D谷氨酸 -Glu, E天冬酰氨-Asn, N谷氨酰氨-Gln, Q

赖氨酸-Lys, K精氨酸-Arg, R组氨酸-His, H

2、名词概念：

同源蛋白质：一组来自同一祖先，随着进化而分化为具有不同结构但功能相同的蛋白质。

趋异突变：导致蛋白质一级结构改变，使蛋白质被淘汰或形成新蛋白质

趋同变异、

蛋白质家族：具有重要的一级结构相似性，或（和）显示出结构功能相似性的蛋白质

蛋白质超家族：一级结构几乎没有相似性的两个或多家族有时也形成相同的主要折叠（fold）,并具有功能上的相似性

蛋白质亚家族：蛋白质家族中氨基酸序列差异小于 20% 者可划分为亚家族

单位进化周期：蛋白质在进化过程中每一个残基的变异所需时间。

中性突变：不影响蛋白质功能

蛋白质的一级结构：蛋白质多肽链中氨基酸的排列顺序。 包括两个方面：蛋白质分子中多肽链的数目& 多肽链中氨基酸的精确排列

3、各种氨基酸的性质与蛋白质空间结构的关系.

4名词及符号：

蛋白质构象：蛋白质肽链的所有碳原子由于单链旋转而稳定于一定的空间排布

蛋白质二级结构：蛋白质主链的折叠产生由氢键维系的有规则的构象

超二级结构：二级结构单元通过多种连接多肽组合而成的特殊几何排列的折叠类型，又称标准折叠单位

三级结构：蛋白质分子或亚基内所有原子的空间排布，是多肽链折叠、卷曲的最终状态

四级结构：寡聚体蛋白，中各亚基的空间排部布及各亚基间的相互作用。

结构域：一条肽链卷曲折叠形成的一个或几个紧密包装的稳定结构

连接条带、

无规卷曲：有确定规律性的肽链构象，但仍是紧密有序的稳定结构，通过主链间及主链与侧链间氢键维持其构象。

无序结构、α-螺旋、β-折叠、β-转角、

EF-手--12 个AA残基的钙结合环连接在两段 α-helices   之间，形似拇指与食指（E 及 F 螺旋）直角相交，配位结合Ca2+ ，又称 EF 手模体                                 

3.6₁₃螺旋、HTH、HLH、b-Zip、

Motif：蛋白质分子中存在的某些立体形状或拓扑结构类似的局部区域。

Zn指、

Domain：包含一个但通常是多个结构域

5．稳定球蛋白构象有哪些的化学键.

1、Van der Waals 力：非特异性相互作用&存在于所有分子中及分子之间&能量：1 kcal/mol&在两个结构互补的大分子之间大量形成&介导酶与底物、抗原抗体结合

2、氢键（hydrogen bond）羟基，氨基，羰基等；&蛋白质中至少 50% 的内部极性基团参与形成氢键；氢键多呈直线排列，键能较大，是维持蛋白质构象的重要化学键；蛋白质侧链残基之间及残基与主链之间也能形成氢键。

3、 盐键（ionic bond）蛋白质的酸性或碱性氨基酸侧链间；多数分布在蛋白质分子表面；盐键较其他键少，作用有限

4、 疏水相互作用（hydrophobic interaction）在水介质中，蛋白质的非极性基团趋于聚集，以避开与水接触的界面，从而形成疏水核心；是球状蛋白形成稳定构象的主要作用力。

5、 二硫键（disulfide bond）蛋白质半胱氨酸之间自发形成二硫键；胞内蛋白质的二硫键与其功能密切关系；亚基间二硫键是维持许多蛋白质功能必不可少的条件，

6．二级结构的类型有哪些？

1、α-螺旋（ α-helice）右手螺旋； 2、β-折叠（ β- pleated sheet）3、β-转角（ β- turn）4、无规卷曲（random coil）5、无序结构

7．三级结构的类型

① 全α类型 ② 平行α/β类型③ 反平行β类型④ 不规则结构类型

8．举例说明5种motif的结构特征。

HLH（螺旋-环-螺旋）钙结合模体Ⅰ. 亮氨酸拉链（leucine zipple）Ⅱ. HLH （螺旋-环-螺旋）模体

Ⅲ. HTH（螺旋-转角-螺旋）模体Ⅳ. 锌指模体（zinc finger motif）