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中国杂交水稻基因组计划简介
??水稻是世界上最重要的粮食作物之一，是半数世界人口赖以生存的主要食物，也是有7000年种植水稻历史的中国经济、文化、传统和历史的一个重要组成部分。年总产值达千亿人民币以上的大米是关系到我国国计民生的最主要的粮食。袁隆平院士的杂交水稻在我国水稻育种和东南亚各国有着广泛的影响。"中国杂交水稻基因组计划" 这个项目着眼于中国粮食的主要物种籼稻和以籼稻为遗传背景的杂交水稻，它在农业上的意义可与人类基因组计划在人类健康中的意义相媲美。
??通过对水稻全基因组序列分析，可以获得大量与水稻育性、丰产、优质、抗病、耐逆、成熟期等有关的遗传信息和功能基因；可以促进水稻的品种改良，培育更好的优质高产新品种；还有助于了解小麦、玉米等其它重要农作物基因组中的相关基因，从而带动整个粮食作物的基础与应用研究；还可以专利的方式，将优良的种质资源转化为信息资源进行保护，以利于农业的可持续发展。
??众所周知袁隆平院士是我国水稻雄性不育系的最主要的发明和奠基人，有水稻之父和绿色革命先驱的全球美誉。选择这一水稻株作为切入点进行测序分析在政治、科学和经济上都有着积极的意义。开展超级杂交稻基因组的研究，在产业上，是密切联系生产实践的；在科学上，是对国际水稻基因组研究的补充与发展；在国家任务上，将促进和帮助我国正在进行的水稻四号染色体基因组序列图的完成。
??10月12日上午9点，中国科学院、国家计委、科技部联合召开了"中国科学院完成水稻（籼稻）基因组'工作框架图'"新闻发布会。中国科学院副院长陈宜瑜主持，宣布中国科学院基因组生物信息学中心暨北京华大基因研究中心，及其南方基地--杭州华大基因研究发展中心完成了具有国际领先水平的中国水稻（籼稻）基因组"工作框架图"和数据库，并将公布数据，供全球免费共享。这是我国科学家为人类做出的一项重大贡献，也是一项在生命科学领域中具有世界领先水平的值得中华民族骄傲的重大科技成果。
在会上，中国科学院院长路甬祥宣读了温家宝副总理代表国务院对我国科学家完成水稻（籼稻）基因?quot;工作框架图"的致贺信，国家计委副主任姜伟新、国家自然基金委副主任朱道本、北京市副市长刘志华、中国科学院副院长陈竺等出席了发布会。到会有关领导同志并就大家关心的问题回答了记者的提问。
??担纲完成这一世界级课题的主要合作单位有中国科学院遗传研究所和国家杂交水稻研究中心，参与这一工作的单位还有中国科学院计算技术研究所、理论物理所、生物物理所、北京大学、浙江大学、神州数码等，这一工作还得到国内外同行和许多知名科学家和水稻育种学家的关心和支持。
中国水稻基因组"工作框架图"是以袁隆平院士培育的超级杂交水稻的典型的籼稻品种，父本"9311"，为材料进行研究的。
基因组是指构成生命遗传物质的全部DNA组分，"工作框架图"是指通过DNA测序和计算机排序的方式，获得的覆盖率超过全部DNA序列90%以上的基因组"草图"。
根据组装和数据分析结果，中国水稻基因组"工作框架图"和数据库，具有国际领先地位：
1．基因组测序覆盖率和基因覆盖率均在95%以上，覆盖了水稻基因组的全部12个染色体。90%的区域准确率达到99%。完全符合"工作框架图"的要求。/p>
2．成功建立了具有独特算法的"重复序列处理"数学模型，克服了用"霰弹法"全基因组测序进行组装的最大困难，为发挥大型计算机处理海量数据的优势，排除了理论计算障碍。新的技术体系与国外同类的工作相比，减少了近80%以上的数据计算量。
3．成功开发出具有独立知识产权的一系列生物信息分析处理软件，使"工作框架图"的组装和分析既能在高性能的SUN大型计算机上运行，也可以在国产的曙光3000计算机上顺利进行。
上述成果是由我国科学家独立完成的，其意义之重大非比寻常。
??首先，它标志着我国已经成为继美国之后世界上第二个具有独立完成大规模的全基因组测序和组装分析能力的国家，尤其在水稻基因组的研究方面，已具有世界同类工作的领先水平。
其次，在农业生产上的意义完全可以与人类基因组计划在人类健康中的意义相媲美。水稻基因组是迄今为止进行的植物基因组测序中最大的，约为人基因组的七分之一（约为4.3亿对碱基）。通过对水稻全基因组序列分析，可以获得大量的水稻遗传信息和功能基因；全面了解其遗传机理。水稻已作为公认的"模式植物"，研究水稻的基因组，有助于了解小麦、玉米等其它禾本科农作物的基因组，从而带动整个粮食作物的基础与应用研究。这个"工作框架图"的绘制和公布，将为世界粮食作物的基础和应用性研究提供宝贵的数据化信息，促进我国生物技术的产权化、产业化进程，也必将会促进我国在此领域的快速发展和新的突破，对国民经济持续发展和国家粮食战略安全有重要的意义。
第三，独立承担并高质量完成一个重要大经济价值的高等植物的全基因组"工作框架图"，表明我国在基因组学和生物信息学领域不仅掌握了世界一流的技术，而且具备了组织和实施大规模科研项目的能力，已经处于世界强国地位。朱总理在2001年政府工作报告中提出，应用基础研究领域要在基因组学上有所突破。这一战略任务已经获得重大成果。
第四，生物信息的计算理论和软件开发将继续拓展，为与生物信息配套的高性能大型计算机设计和生产，海量数据处理系统的建立，奠定了重要的基础。
中科院基因组生物信息学中心及杭州华大基因研究发展中心取得的这一重大成果得到了中国科学院、国家计委、科技部、国家自然科学基金委、北京市、浙江省和杭州市等部委和地方政府的全力支持。 以中国杂交水稻父本"籼稻9311"为研究对象，获得的水稻基因组"工作框架图"和数据库，是2000年5月启动的中国杂交水稻基因组研究和开发计划的第一部分，其"精细图"将在明年完成。与此同时还将进行超级杂交水稻母本"培矮64s"的比较基因组研究。在此基础上，我国科学家将全面开展杂交稻杂种优势机理研究和基因预测分析；解析和发现与水稻育性、丰产、优质、抗病、耐逆、成熟期等有关的遗传信息和功能基因；促进水稻的品种改良，培育更好的新品种；开展中国优良水稻资源的单核苷酸多态性（SNP）和插入缺失多态性（InDel）的研究，发现控制优良性状（如稻米品质、香味、抗性）的分子标记。为我国的水稻应用研究和育种提供全面的生物信息服务。全部计划预计在2003年完成。
杂交水稻基因组计划的历程
1999年10 月 与袁隆平院士联系合作开展杂交水稻基因组研究
1999年11月3日 几家基因组中心商讨合作进行杂交水稻基因组研究的可能性
2000年4月26日 与袁隆平院士、朱立煌教授签定三方合作的协议，共同进行从基因组到分子育种、大田实验的全方位研究开发
2000年4月30日 中科院生物局表示将给予该项目的支持
2000年5月11日 华大新实验室启动，30台新的Megabace到位，对外公布三方合作的杂交水稻研究计划
2000年5月16日《Science》（Vol:392,Page:5514）详细报道了这一计划
2000年5月31日 路甬祥院长视察我中心，高度评价了这一项目
2000年11月，申请杂交水稻基因组计划为中国科学院知识创新工程项目
2000年底 完成1.5倍覆盖率的杂交稻母系测序，由于计算机容量及相应软件不足，测序暂停
2001年2月19日 袁隆平院士获首届中国科技大奖
2001年2月 路甬祥院长同周光召副委员长视察我中心，再次肯定了杂交水稻基因组研究的重大意义
2001年3月25日 袁隆平院士来我中心参观访问，对我们承担和完成杂交稻基因组的研究表示了充分的信心
2001年4月13日 曙光3000大型计算机到位，杂交稻父本9311开始测序
2001年4月30日 路甬祥院长陪同李岚清副总理、徐冠华部长视察我中心，再次提及杂交水稻基因组计划的重大意义，并建议申请国家计委的支持
2001年7月 路甬祥院长、袁隆平院士分别写给国家计委主任，建议计委支持这一项目
2001年7月 国家计委高科技司马德秀司长考察我中心，对路甬祥院长的建议给予了积极的响应，表示了支持的意向
2001年7月 申请杂交水稻项目为国家计委支持的国家重点研究项目，并由中国科学院生物局的发出文件
2001年7月 SUN一万大型计算机到位。杂交水稻父本9311全基因组鸟枪法全面展开
2001年9月20日 完成杂交水稻父本9311基因组4x的测序任务，并紧急呼吁开始精细图及杂交水稻母本的测序任务
2001年10月12日，中国科学院、国家计委和科技部在北京联合召开新闻发布会，宣布中国科学院基因组信息学中心暨华大基因研究中心承担并完成了具有国际领先水平的中国杂交水稻（籼稻）基因组工作框架图。浙江省省长柴松岳发来了贺信，温家宝副总理也特地发来了贺信，在会上陈竺副院长发表了讲话
2001年10月23日的《科学通报》详细报道了我中心中国杂交水稻基因组框架图的完成
2001年9月到11月间，有关中国杂交水稻工作框架图的完成，受到了各层领导的重视，并作出重要批示
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