动物界中最高等的1个门，成体或幼体的背侧具有1条脊索，故称脊索动物。可分为尾索动物、头索动物和脊椎动物3个亚门。其中前2个亚门合称原索动物。脊椎动物亚门为最高等的脊索动物，它们的脊索已被脊柱所代替。过去曾将半索动物（口索动物）列入脊索动物的1个亚门，由于通过组织学研究，发现口索与脊索既非同功器官，也非同源器官，因此，半索动物由脊索动物独立出来，自成1门。