PCR-SSO（sequence specific oligonucleotide）：也称PCR-ASO（allele specific oligonuceotide）。用以同位素或非放射性标记的探针与PCR扩增的目标片断产物杂交，根据阳性斑点判断个体基因型。由于HLA等位基因非常多，就需要很多的探针对每个DNA样品要进行多次杂交（甚至十几次）才能完成定型分析操作也十分繁琐。于是在此基础上又发展起来一种反向杂交法（reverse hybridization）。将各种不同的探针固定于同一张膜上，再将PCR产物标记，以PCR产物（待检测基因DNA）反过来与探针杂交。这样一次杂交即可完成多个等位基因分析。此方法具有灵敏度、特异性强、需样本量少等优点，但不同探针的杂交条件的须严格统一（如温度，离子强度）, 易出现误差;不能检测新等位基因，试剂盒需不断升级; 对某些杂合子分辨率也不好;。很多HLA基因型含有相同的多态性，而仅仅由于排列方式不同，因此分辨率不及SSP和SBT（4.01＃113）。此方法适宜大量和高纯度样本，杂交条带将作为书面原始记录长期保存（三种效果比较）。
　　PCR-SSP：上述的PCR/RFLP、PCR/SSO等，最终均需用标记的特性探针与扩增产物进行杂交，再分析结果。PCR/SSP方法用乃设计出一整套等位基因组特异性引物（sequence specific primer,SSP），借助PCR技术获得HLA型别特异的扩增产物，可通过电泳直接分析带型决定HLA型别，从而大大简化了实验步骤。优点是简单易行, 分辨率可从低到高, 成本低 。缺点是不易自动化;不能检测新的等位基因，试剂盒需不断升级。此方法适宜零散和纯度低样本，重复实验时要重提DNA和必须使用紫外凝胶成象仪保留原始资料，增加实验成本（三种效果比较）。PCR-SSP和PCR-SSO均需大量试剂（引物）,且不能识别非经典的HLA基因和假基因（绿）。针对HLA外显子和内含子序列精心设计引物可避免这些问题。
　　PCR-SBT: 以PCR扩增所要分析的基因片断，然后对DNA序列进行分析，可以直接得到基因型。分辨率高，可大规模进行，精确度高，能直接发现新的等位基因。但是由于杂合子的存在，无法分辨单元型。
　　以上各个方法都存在无法克服的缺陷，如能配合使用，则能大大提高分型能力。国外有学者对60个样本进行研究，发现单用SBT，只有18％的样本能将A，B位点同时分型成功，如结合SSO，则能将所有样本成功分型。
　　基于核酸序列识别的分型方法始终无法越过杂合子的难关。HSE(Haplotype-specific extention)技术完美地解决了这一问题。它是利用磁珠与其中一条同源染色体的特异位点结合，达到分离同源染色体的目的，杂合子问题不攻自破。因此，HSE无论与SSO还是SBT结合使用，都有极好的效果（1.01＃12，4.01＃94）。
　　近年来，测序新技术发展层出不穷，纷纷运用到HLA分型中。如MSNE(multiplex single nucleaotide extention),应用链中止法原理，根据等位基因SNP位点设计特异性引物和生物素荧光标记的ddNTP进行分型，有重复性好，可分辨杂合子等优点，已应用到A位点的分型中。（4.01＃93）又如pyrosequencing 法分型，分辨率好，可分辨杂合子，自动化程度也高。DNA芯片技术，作为一项检测SNP的成熟技术，也已应用到HLA 分型中.
　　基于序列分子构型的分型方法在理论上就避开了杂合子这个难题。SSCP(PCR单链构象多态性分析，PCR-single strand conformational polymorphism)是最常用的根据构型的分型方法。扩增的目标产物变形后形成单链，不同的序列，甚至仅有一个碱基的差异，就会形成不同的茎环结构，从而电泳速率不同。但此方法仅限于分辨仅限于200－300bp（绿16），且即使是同一单链DNA在相同情况下也会形成不同的构型，使得电泳条带很难分析;也有可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小的情况,使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。
HA(异源二聚体电泳多态性，Heteroduplex Analysis)是另一种基于序列分子构型的分型方法，根据异源二聚体未配对区域的长度和分布而显示出电泳条带不同（绿18）。但与单链DNA相比，异源二聚体电泳条带过于复杂，难以分析。
　　新发展的RSCA（Reference Strand Mediated Conformation Analysis）技术根据HA的原理，设计了位点特异性荧光标记的参照DNA片段，与样本DNA分子的正反链形成异源二聚体.带有荧光标记的电泳条带易于分析，能够克服HA的不足。
    另外，提取基因组模板的技术也在不断发展。用于分型的DNA来源也已不局限于血液，口腔涂片、唾液中提取的DNA也有相似的效果（7.01＃261）。针对微量基因组模板的情况，现已开发出基于滚环复制的全基因组扩增技术，可以将1ng的模板扩大至100ng，足以应付PCR-RFLP、PCR-SBT等分型技术的要求。
    相信随着分子生物学技术的发展，未来HLA分型技术会向着更便捷，准确的方向前进。