生物催化反应进程中底物的减少或产物的增加可采用薄层层析法(TLC)、高效液相色谱法(HPLC)或气相色谱法(GC)等分析技术进行跟踪分析。这些检测结果有助于建立生物转化反应的最佳条件。
 　  产物的分离纯化一般是先将微生物细胞与转化液相分离，常采用离心或抽滤法。然后用有机溶剂从滤液中萃取转化产物，若为非中性产物则应调节溶液pH，以捉高萃取效率。虽然生物转化产物绝大多数存在于转化液中，但在菌丝体中也会残留一些，因此很有必要用有机溶剂对菌丝体进行一次萃取，以提高转化产物的收率。真菌类转化产物的分离——般先采用离心或抽滤法将菌丝体与转化液相分离，但细菌类转化产物的分离一般则不需要采用分离步骤，可直接用有机溶剂萃取产物。该法可能会导致粗产物中含有少量细胞组分。萃取的粗品需进一步分离纯化才能得到纯品，常用的方法有重结晶、柱层析等，以除去副产物、细胞组分和微生物内毒素等微量杂质。