酵母和哺乳动物线粒体基因编码了完全相同的蛋白，尽管二者结构上存在很大差别。脊椎动物线粒体基因组相当小，由结构十分紧密的连续基因组成，而酵母的线粒体基因­组却大得多，而且有一些复杂的断裂基因，这两者哪个起源更早些呢？
答：酵母线粒体基因的内含子具有移动性，它们是独立的序列，可以从一个RNA中剪接掉而插入另一个DNA序列，这说明它们的基因通过内含子的不断插入而演化。

外显子截留法的反应机理是什么？
答：首先要有一个包含强起启动子的载体（vector），且只含一个内含子及被它分隔的2个外显子，当这个载体被转染到细胞中后，它的转录产生了大量包含2个外­显子的RNA，在其内含子中存在一个限制性酶切位点，可以在此插入感兴趣的外源基因片段。
如果这个外源基因片段不含外显子，则它的存在不会影响RNA的拼接方式，这样，成熟的RNA和载体亲本RNA有着相同的序列。
若这个外源基因包含一个外显子且两端含有部分内含子，则剪接时切割位点可在于这个外来外显子的任意一侧，且这个外源外显子序列就被插入到了载体两个外显子中间。­可以通过将胞质RNA反转录成cDNA及PCR技术将这个外源外显子扩增。
由于动物细胞中内含子很大，而外显子很小，所以在DNA的随机片段中有很大的可能在所需外显子两侧含有部分内含子，这样外显子就被截留了。

你能归纳一下真核生物基因组的特点吗?
答：1.基因组中有大量低度,中度,高度重复序列；

2.基因大多是不连续的,由编码的外显子与不编码的内含子镶嵌排列而成；
3.非编码区多于编码区；
4.基因不存在操纵子结构,功能相关基因也大多分散在不同的染色体上,即使空间位置相近也分别转录,转录产物为单顺反子；

5.真核生物基因组DNA大多与蛋白质一起构成染色质(单位是核小体)。

什么是限制性酶切图谱？有何用处？
答：所谓限制性酶切图谱，就是指一系列限制酶的特异识别序列在DNA链上的出现频率和它们之间的相对位置。不同限制酶其识别特异性序列不同，因而在同一DNA链­上出现的频率和位置也各不相同；不同来源的DNA分子，其核苷酸序列不同，也各有自己的特异性内切酶图谱。由此可见限制性内切酶图谱实际上就是指限制性内切核酸­酶的特异切点在DNA上的定位，表现出一些部位的线性序列，它是DNA分子结构特性的反应。
分离出一个DNA片段之后，要从分子水平上研究基因的结构，必须绘制基因的限制性内切酶的酶切图谱，以了解各特异性酶的识别序列在基因中的分部位置，然后才能进­行核苷酸的序列分析。

第03章
概念题：
1．    基因组：生物体遗传物质的一套完整的序列，它包括每个染色体的序列及细胞器内所有DNA。
2．    蛋白体：生物体产生的蛋白质的总数。
3．    转录体：细胞、组织或生物体内存在的完整的一套mRNA。
4．    C-值：基因组（一个单倍体染色体组）的DNA含量。
5．    非重复DNA：显示单拷贝序列的预期重组动力学。
6．    重复DNA：重组反应中像许多（相关的或一致的）序列一样存在于一个组分中，允许任意对互补序列重组。
7．    直向基因:指由共同祖先衍生而来的不同物种中存在的同源基因。
8．    丰度：mRNA的丰度是每个细胞分子的平均数。
9．    细胞质遗传：是线粒体或叶绿体中基因的特性。
10．   母性遗传：是描述由一个母本提供的后代遗传标志优先存在。
11．   ctDNA：是叶绿体DNA。
12．   mtDNA：是线粒体DNA。

简答题：
1．    比较基因组的大小和基因组复杂性的不同：
一个基因组有两个序列，一个是A，一个是B，各有2000bp长。其中一个是由400bp的序列重复5次而成，另一个则由50bp的序列重复40次而成，问：⑴­这个基因组的大小怎样？
⑵这个基因组的重复性如何？
【答案】：基因组的大小是指基因组的DNA的总量。复杂性是指基因组中所有单一序列的总长度。
⑴4000bp
⑵450bp
2．    请描述C值矛盾，并举例说明。
【答案】：对高等真核生物而言，生物体基因组的大小与其复杂度并没有直接的联系。亲缘关系相近的生物体的DNA含量可能相差很大。

例如，一些两栖类动物比其他的两栖类动物的DNA含量多上100倍，但它们的进化地位并不因此而更高。
3.
哪些细胞器带有自身基因组？为什么这些细胞器带有自身的基因组？
【答案】：线粒体和叶绿体具有自身的基因组。
这两种细胞器都具有不同于细胞质的独特的胞内环境。有一些蛋白质由细胞器基因编码，因为它们需要在这种环境中才能正确折叠。有些需要在细胞器内产生，因为它们不­能穿过细胞器膜。

论述题
如何理解生物体的基因“有多少基因被表达，有多少基因是必须的？”这句话。
【答案】：不是所有的基因都被表达，许多高等真核生物的组织中被表达的基因数在10，000—20，000这个范围内。在丰富的种类中基因表达之间确实有不同，­可通过不同组织间的比较得出。例如，在肝脏和输卵管中有大约75％的被表达的序列是相同的。也就是说，大约有12，000个基因在肝脏和输卵管均有表达，另外还­有约5000种基因表达是肝脏特有的，约3000种是输卵管特有的。
可能不是所有的基因都是必须的（当突变时破坏效应的存在来定义致死基因）。非必要基因与必要基因的数目应该是相当的。在酵母菌中，仅仅60%的基因是必要的；在­果蝇（D.melanogaster）中，必要的基因数小于5000。我们不明白非必要基因怎样被维持的；他们可能提供不明显的选择优势。