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生物信息学所用的方法和技
美国国立生物技术信息中心(NCBI)详细介绍及使用手册
[ 文章来源: | 文章作者: | 发布时间:2007-07-11|  字体: [ ]  

UniGene — 被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载。

DbEST — 表达序列标签数据库—短的(300—500bp)的cDNA序列,代表mRNA的单次(测序)阅读。常常有大量的EST被测序,并代表了在一个给定的组织或一个给定的发育阶段的基因表达的快照。同时包含了由CGAP计划产生的ESTs,和来自差异显示及RACE实验的序列。

克隆

克隆登记 — 由多方人类基因组测序中心使用的数据库,用来记录哪些克隆已经被选来测序,哪些正在被测序,哪些已经完成,哪些已经被送到GenBank中去了。包括BACs, PACs, cosmids, fosmids。使用统一的克隆名字表示克隆在微量板上的位置(板号,行,和列),位置前面加上库的缩写,来产生唯一的名字。包括了克隆定购的信息。

基因组图谱

Entrez基因组 — 链接到人类基因组测序站点的人类染色体视图。Entrez基因组同时包括了一个人类线粒体的视图(通过真核细胞器来访问),可以查看完整情况或查看逐步详细的信息。

Entrez图谱浏览器 — 整合的染色体图谱—图谱浏览器是Entrez基因组的一个软件组成部分,用来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相align过的图谱,以及用相同序列进行比较过的序列图谱。在人类基因组数据和搜索技巧文件中有关于20种序列,细胞遗传,遗传连锁,放射杂交,和其它的图谱。Entrez图谱浏览器的帮助文件提供了关于如何使用这个工具的一般说明。

GeneMap’99 — 〉35000个人类基因标记的物理图谱,由国际放射杂交图谱联合用一致的RH试剂和方法建成。提供了突出了染色体上关键标志(富含基因区)的框架,从而加速了测序,代表了超过100名科学家的国际合作努力。

NCBI RH图谱 — NCBI整合的RH图谱,包括来自GeneMap’99的G3和GB4的RH单子上的23723个标记。这些标记相对于1084个框架标记(一个G3和GB4共同的子集)被绘制。所有的标记被统一在GB4的尺度上。R. Agarwala et al.的文章提供了详细的整合策略,以及评估整合图谱质量的方法。

Mitelman癌症染色体变异摘要 — 由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson建立的基因组范围的人类癌症中染色体断裂位点图谱。参见Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。

OMIM基因图 — 被报道的和被许多定位方法决定的基因的细胞遗传位点。可以用基因代号或细胞遗传染色体位点来搜索。可以从OMIM页面上访问。

OMIM致病图 — 按字母排列的疾病和相应的细胞遗传图位点,链接到OMIM的条目。可以从OMIM页面访问。

人类/小鼠同源图 —University of California at Davis的M. F. Seldin建立,一张比较人和老鼠在同源区段DNA上基因的表,按在每个基因组上的位置排列。


绘制的标记

dbSTS —序列标签位点的数据库,短的在基因组上可以被唯一操作的序列,因而可以确定在物理图谱上的特定位置。

电子PCR(e-PCR) — 找到一个查询序列的假设位点图。用于在DNA序列上发现STS位点计算过程。

GeneMap’99 — 〉35000个人类基因标记的物理图谱,由国际放射杂交图谱联合用一致的RH试剂和方法建成。提供了突出了染色体上关键标志(富含基因区)的框架,从而加速了测序,代表了超过100名科学家的国际合作努力。

人类基因组测序 — 绘制的标记已经用e-PCR自动被放到完成的HTG序列组成的contig上。标记来源于dbSTS, GeneMap'99(基于基因的标记),Stanford G3 RH单子(又有基因标记也有非基因标记),Whitehead GB4 RH单子和YAC图谱(又有基因标记也有非基因标记),Genethon遗传图谱,和一些染色体特异的图谱,如NHGRI的7号染色体图谱,Washington University的X染色体图谱。

OMIM基因图 — 被报道的和被许多定位方法决定的基因的细胞遗传位点。可以用基因代号或细胞遗传染色体位点来搜索。可以从OMIM页面上访问。

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