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生物信息学所用的方法和技
美国国立生物技术信息中心(NCBI)详细介绍及使用手册
[ 文章来源: | 文章作者: | 发布时间:2007-07-11|  字体: [ ]  

染色体

人类基因组测序 — 每一条染色体,概述了人类基因组计划的测序进展(图示和统计)。提供对基因组序列数据的访问,也有链接到参与的国际基因组中心,各种STS图谱,疾病基因信息,和选择出的参考文献。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被显示出来,以表示组成他们的GenBank中的记录的成分,或者那些由e-PCR确定的位于其上的STS标记。Contig用在GenBank中处于第三期的HTG序列记录来组装起来,组装的办法是用Jang, et al描述的过程,并给于一个NT_*的accession number,作为RefSeq计划的一部分。关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页。

Entrez图谱浏览器 — 整合的染色体图谱—图谱浏览器是Entrez基因组的一个软件组成部分,用来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相align过的图谱,以及用相同序列进行比较过的序列图谱。在人类基因组数据和搜索技巧文件中有关于20种序列,细胞遗传,遗传连锁,放射杂交,和其它的图谱。Entrez图谱浏览器的帮助文件提供了关于如何使用这个工具的一般说明。

FTP — 每个染色体都有一个文件目录包含各种格式的完成的基因组contig(NT_*记录):

hs_chr*.asn ASN.1 格式 (description above)

hs_chr*.fna.gz FASTA 格式(description above)

hs_chr*.gbk.gz GenBank flat file 格式

(目前注解包括STS标记,已知和预期的基因将被在将来几个月中加入)

hs_chr*.gbs GenBank summary 格式

(这个格式不含有序列数据,但是包含一个“CONTIG”字段,表明这个contig是如何有独立的GenBank记录组装起来的。)

BLAST人类基因组序列数据

BLAST人类染色体 — 将一个核酸或蛋白序列同已经完成的HTG contig比较。Contig用在GenBank中处于第三期的HTG序列记录来组装起来,组装的办法是用Jang, et al描述的过程,并给于一个NT_*的accession number,作为RefSeq计划的一部分。关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页。同人类染色体作BLAST是人类基因组测序页面的一个组成部分。

BLAST htgs数据库 — 将一个核酸或蛋白序列同未完成的HTG序列(第0,1,2期)进行比较(关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页)。尽管htgs数据库包含有来自许多物种的序列,你可以使用Advanced BLAST页面来限定你的搜索只在人类。

BLAST gss数据库 — 将一个核酸或蛋白序列同随机的“单次(测序)阅读”的基因组调查序列比较,如同cosmid/BAC/YAC末端序列,exon trap获得的基因组序列,和Alu PCR序列。尽管gss数据库包含有来自许多物种的序列,你可以使用Advanced BLAST页面来限定你的搜索只在人类。

基因

位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,同名,序列accesssion number,表型,EC号码,OMIM号码,Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。

OMIM — 在线人类孟德尔遗传—经常更新的人类基因和遗传失调的目录,有链接到其它相关的文献参考,序列记录,和相关数据库。

RefSeq — NCBI数据库的参考序列。校正的,非冗余集合,包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白,在将来,整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。

UniGene — 被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载。

序列

人类基因组测序 — 每一条染色体,概述了人类基因组计划的测序进展(图示和统计)。提供对基因组序列数据的访问,也有链接到参与的国际基因组中心,各种STS图谱,疾病基因信息,和选择出的参考文献。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被显示出来,以表示组成他们的GenBank中的记录的成分,或者那些由e-PCR确定的位于其上的STS标记。Contig用在GenBank中处于第三期的HTG序列记录来组装起来,组装的办法是用Jang, et al描述的过程,并给于一个NT_*的accession number,作为RefSeq计划的一部分。关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页。

RefSeq — NCBI数据库的参考序列。校正的,非冗余集合,包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白,在将来,整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。

Entrez — 对GenBank, EMBL, DDBJ, PIR-International, PRF, Swiss-Prot, and PDB数据库中的核酸和蛋白序列数据提供整合的访问,同时提供对3D蛋白结构,基因组图谱信息和PubMed MEDLINE的访问。Entrez包含了对每个数据库记录的预先计算好的相似搜索,产生一个相关序列,结构,和MEDLINE记录的表。包括了来自〉70000个物种的序列数据,可以用物种字段来限制记录只在人类搜索。

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