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分子生物学抗体芯片的应用
A：蛋白质相互作用的检测
当发现一种新的基因时，需要知道这个基因和它编码的蛋白在细胞中起什么作用，这时需要确定此基因编码的蛋白在信号通路中的作用，抗体芯片AntibodyArraysTM 提供了一种非常经济实惠且操作快速的方法，使用抗体芯片可快速筛选出此编码蛋白和信号通路中其它蛋白的相互作用。抗体芯片筛选方法与酵母双杂交系统比较，具有以下优点：实验周期短；耗费低；假阳性率非常低；操作简便一般实验室均很容易完成。

B:蛋白质磷酸化的检测
Frank博士已研究糖尿病病理学5年，通过使用各种生物模型包括基因敲除小鼠和糖尿病大鼠，他获得了很多有意义的结果。现在他需要全面了解信号通路的变化，以获得关于在糖尿病发病机制中各种通路各种蛋白的总体关系图。他使用了AntibodyArraysTM这种新技术从几百种已知蛋白中快速筛选磷酸化水平发生改变的蛋白（活性改变的），并发现了不少很有意思的分子。
某制药公司研究人员，她领导的小组已经发现了某一化学物质作用的靶点，但是她需要了解这些化学物质是否对其它蛋白有影响，这样她才可以知道药物的选择性和毒性如何。她选择使用AntibodyArraysTM 来进行评估，比较了药物处理和没有处理的细胞蛋白质磷酸化水平的改变，由此对该化学药物的专一性有了进一步了解。
使用AntibodyArraysTM研究者可以快速得到关于哪些蛋白质已磷酸化（活性变化）的信息，这样便可以确定下一步研究目标。

C:蛋白质表达谱检测：
抗体芯片可用来检测两个不同样品间蛋白质的表达水平的相对差异，一次简单实验可以比较出数百种蛋白质（多达400种）的表达水平变化