Microarray和Macroarray的比较

        Microarray通常指点阵密集度很高、点的直径比较小的Array，Macroarray则常用来指点阵密集度较低、点的直径比较大的一类Array。我们可以把玻片片基的芯片当作Microarray的代表，尼龙膜一类的Array当作Macroarray的代表，就很容易看出两者的区别：尼龙膜片基由于是多孔结构，点上去的核酸容易扩散而得到较大的点，为了避免点与点之间接触干扰，点阵的密集度就不能太高，膜上的基因数目受到限制，并且由于这种多孔结构在杂交时容易产生非特异吸附而导致背景偏高，杂交后需要反复多次洗涤。而玻片片基则不存在这个问题，片上的点密集度可以很高，因而一张片可能覆盖更多的基因。然而正是由于玻片较小而点密度高，所以需要特殊的芯片扫描仪检测分析结果，而尼龙膜片基的Array不需要特殊的仪器和技术，普通实验室就可以自行操作。（不过，基因公司即将在上海推出Affymetrix基因芯片扫描服务，因而普通实验室无需购买特殊仪器也可以使用Affymetrix的基因芯片。）尼龙膜片基的Array通常采用同位素标记(32P或者33P)，曝光同样时间的条件下 32P信号强度比33P高4倍以上，长时间曝光（比如压片10天或更长）的灵敏度最高，但是信号点不如33P 集中，只能用于点距较大的Macroarray。相比之下玻璃芯片通常采用荧光标记，灵敏度不如同位素，但是检测速度很快，可以即时得到结果，因而允许大规模高通量地进行分析检测。而且可以用双色/多色荧光标记，使2个以上的样品在同一张片上检测成为可能。玻片刚性好，容易操作，自动化程度高，但不能重复使用，而尼龙膜比较柔软易卷曲，操作相对复杂一些，自动化程度较低，通常只能用同位素或者化学发光标记，不过可以洗脱探针重复使用.。