北京恒和顿公司的生物芯片专利检索报告也显示，生物芯片领域存在非常密集的专利部署态势；其中，Affymetrix公司是全球最大的生物芯片专利拥有者。此外，生物芯片产品需要使用大量的基因片断、蛋白质分子发明。该领域已经有数十万个生物片断被提交专利申请。总之，生物芯片行业正在延续半导体芯片时代的“专利丛林”部署态势。
（二）国外专利部署态势
从国外专利的申请人分布看，基础专利的分布状况基本与企业拥有的市场份额呈对应关系。例如，Affymetrix公司的表达谱基因芯片占全球同类产品一大半的市场份额；它在该领域的全球专利拥有量也占50％以上。从技术分布看，分子的选用、点样仪的选用、样品mRNA的抽提、mRNA的逆转录、PCR和探针的荧光标记、杂交条件和洗涤条件的选择、数据分析装置、载片、扫描仪、生物芯片平台、检测方法、流射方法、分析方法等领域都出现了专利申请。从紧密行业的分布看，分析软件、点样机、扫描仪、表达阵列、杂交溶液、通用芯片制造、客户芯片定制、点样、样品处理设备和试剂、基因表达分析、标记探针、杂交系统、突变检测、基因型分析、cDNA库建设、DNA测序等相关行业都出现了专利申请。这表明，国外生物芯片专利部署已经从少数领域的开创性研究发展到广泛的工业化操作阶段，未来较长一段时期的专利申请量还将快速增加。
（三）国内专利部署态势
检索显示：我国生物芯片发明专利申请约86％以上来自国外企业。国内专利申请大部分来自科研机构，其中，中科院、清华大学、东南大学的申请量最大。北京大学、南开大学、上海交大等也有少量申请。从专利情报看，清华大学、东南大学的专利挖掘已经进入工业应用阶段，只要转变专利经营战略，并与合作企业密切配合，其专利申请量有望出现高速增长的态势。在企业申请人分布方面，北京博奥公司的申请量已经超过100件，但是其他国内企业的申请量不大，一般不超过50件。从技术内容看，国内专利申请主要分布在如下领域：
第一，基础方法发明。例如，200410070312．6号文献涉及一种生物分子形状的转录方法，步骤为，在基片上二维排列生物分子；在该生物分子上形成由无机物质组成的薄膜层；在该薄膜层上形成支持层；将该薄膜层和该支持层一起从上述生物分子上剥离。再例如，03141844．9号文献涉及一种双探针基因芯片信号放大方法。200410057323．0号文献涉及一种空间相位调制干涉阵列检测生物芯片的方法及系统。200410064799．7号文献涉及一种生物芯片定量检测方法。02136370．6号文献涉及一种多标志物生物芯片信号分析系统。02825869．X号文献涉及一种用于测量微阵列上磁性纳米粒子面密度的方法。
此外，200310111884．X号文献涉及一种基于投影的生物芯片扫描图象点阵自动识别算法。96198521．6号文献涉及一种用于主动可编程矩阵器件的设备和方法。03808648．4号文献涉及一种以部分氧化多孔硅为基础的装置及其制造方法。200410086248．0号文献涉及一种微量液体喷射系统。200410041365．5号文献涉及一种利用光子微粒编码的微通道阵列式生物芯片及应用方法。03100093．2号文献涉及一种制备核酸探针库的方法。03102659．1号文献涉及一种用于生物分子芯片微量加样和反应的方法。
第二，分子检测方法发明。例如，200410029590．7号文献涉及一种检测小分子化合物的方法，包括如下步骤：用封闭液封阻生物芯片上的非点样区域；在生物芯片上的点样区域内加入待测样品或其制备液及小分子化合物特异配体的混合液，进行反应；通过检测小分子化合物的特异配体，确定小分子化合物是否存在及其含量。此外，200410066255．4号文献涉及一种生物芯片时分复用多荧光同时检测方法。
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