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| [ 文章来源： | 文章作者：
| 发布时间：2006-10-25|
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蛋白质三维结构的预测方法通常包括：同源性建模和从头开始的预测方法。对数据库中已知结构的序列的比对是预测未知序列三级结构的主要方法，也即同源建模的方法。通常对于同源建模的方法过程并非统一，但基本思路是一致的，基本包括如下几个步骤：
1．使用未知序列作为查询来搜索已知蛋白质结构。
2．产生未知序列和模版序列最可能的完整比对。
3．以模版结构骨架作为模型，建立蛋白质骨架模型。
4．在靶序列或者模版序列的有空位区域，使用环建模过程代替合适长度的片段。
5．给骨架模型加上侧链。
6．优化侧链的位置。
7．使用能量最小和已知的优化知识来优化结构。
在进行序列比对时，最容易使用 BLASTP 程序比对 NRL-3D 或 SCOP 数据库中的序列。如果发现超过100个碱基长度且有远高于40%序列相同率的匹配序列，则未知序列蛋白与该匹配序列蛋白将有非常相似的结构。在这种情况下，同源性建模在预测该未知蛋白精细结构方面会有非常大的作用。同源性建模的成功的关键通常不是建模使用的软件或服务器，在设计与模版结构好的比对时的技巧更加重要。
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蛋白质二级结构预测