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5、 cDNA第二链合成离心管反应液70℃处理10分钟, 低速离心后置冰上。 6、 加入2μ T4 DNA聚合酶, 37℃温浴10分钟。 7、加入10μl 200mmol/L EDTA终止反应。 8、用等体积酚:氯仿抽提cDNA反应液,离心2分钟。 9、水相移至另一eppendorf管,加入0.5倍体积的7.5M醋酸铵(或0.1倍体积的1.5M醋酸钠,pH5.2), 混匀后再加入2.5倍体积的冰冷乙醇(-20℃), -20℃放置30分钟后离心5分钟。 10、 小心丢去上清液,加入0.5ml冰冷的70%乙醇,离心2分钟。 11、 小心移去上清液,干燥沉淀。 12、 沉淀溶于10-20μl TE缓冲液。
(三)同位素掺入放射性活性测定、计算和电泳分析 1. 试剂 1mg/ml鲑鱼精DNA, 三氯乙酸(TCA, 5%和7%),碱性琼脂糖胶,碱性胶电泳缓冲液,( 30mM NaOH,1mM EDTA),2×样品缓冲液,(20mM NaOH,20% 甘油,0.025%溴酚蓝)。 2. 操作步骤 (1) 各取一2(5)中和二(4)反应液各3μl,点于玻璃纤维滤纸,室温干燥, 这些样品代表总放射性活性。 (2) 同样各取3μl中反应液至含有100μl(1mg/ml)鲑鱼精DNA中,混匀,加入0.5ml 5% TCA, 涡旋混合仪混合后置冰上5-30分钟。 (3) 用玻璃纤维滤纸过滤,用冰冷的5% TCA洗三次,每次用5ml TCA,再用5ml丙酮或乙醇漂洗, 这些样品代表掺入放射性活性。 (4) 分别测定总放射性活性强度和掺入放射性活性强度,可用盖革计算器,也可用液闪计数。 3. 第一链产量测定 第一链掺入率(%)= 掺入cpm/总cpm ×100% 掺入dNTP(nmol)=2nmol dNTP/μl ×反应体积(μl)×(第一链掺入率) 设330为每mol dNTP的平均分子量 合成cDNA量(ng)=掺入dNTP (nmol)×330ng/nmol mRNA向cDNA转变率=合成cDNA量(ng) / 模板RNA量(ng)×100% 例如总放射性活性强度为254,000cpm, 掺入放射性活性强度为3040cpm, 所用RNA摸板量为1μg,反应体积为25μl, 则: 掺入率=3040/254000×100%=1.2 掺入dNTP量=2nmol dNTP/μl×25×1.2%=0.6nmol 合成cDNA量=0.6nmol dNTP×330ng/nmol=198ng mRNA向cDNA转变率=198nm/1000ng×100%=19.8% 由于1000ng RNA中20%(5μl/25μl)用于掺入测定,而反应体积占总体积80%,因而实际第一链cDNA合成量为0.8×198ng=158ng。 4. 第二链产量计算 除需去除第一链掺入dNTP外,方法同第一链产量计算 第二链掺入率= 掺入放射性活性/ 总放射性活性?? 掺入dNTP量(nnol)=[0.4nmol dNTP/μl×反应体积(μl)-第一链掺入nmol]×第二链掺入率 第二链cDNA合成量(ng)=nmol dNTP×330ng/nmol 双链cDNA转变率=双链cDNA合成量(ng)/ 单链cDNA合成量(ng) 例: 第二链掺入放射性活性强度为2780cmp, 总放射性活性强度为235000cpm. 第二链掺入率=2780/235000×100%=1.18% 第二链合成dNTP量=[(0.4nmol/μl×100μl)-0.48nm]×1.18% =0.47nmol 合成第二链cDNA量(ng)=0.47nmol×330ng/nmol =155ng 双链cDNA转变率=155ng /158ng×100%=98% 一般cDNA第一链转变率和双链转变率以12-50%和50-200%为好。
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