检测基因特异阻断的最常用的方法是进行westernblot分析，比较导入siRNA前后蛋白表达水平的变化。在一些情况下可能使用检测报告子基因的报告子系统例如β-半乳糖苷酶。也可以应用实时PCR（例如通过使用LUX™引物）或者其它类型基于细胞的分析检测细胞中转录本的水平。