siRNA Oligo 设计软件设计原则

1．  希望软件可以在web 上使用。 即用户可以访问我们的网站， 输入基因代码， 即可自行在网上设计siRNA Oligo。

2．  可参照的软件形式： 见如下网站： www.dharmacon.com

                       www.ambion.com

                       www.qiagen.com

3．  希望能就每一个所指定的基因找到至少四对以上可合成的双链RNA  oligo。

4．  软件设计中的几个关键步骤如下：

A． 进入Gene Bank 调出指定基因序列；

B． 根据特定的一些规则选出一个基因片段；

C． 再根据一些规则写出正义和反义两段各 21个碱基的序列；

D． 最后通过反转，替代，空格得出最后结果。

 

具体设计原则：

 

1．    在所选基因的启动子后 50-100个碱基自5’-端开始

2．    寻找基因序列中的23个碱基， 最好是5‘-  AA（N₁₉）TT -3’   （N是任何碱基）

3．    如果找不到四个以上AA（N₁₉）TT，则用 AA（N₂₁）补足。

4．    如果找不到四个以上AA（N₂₁）， 则用 NA（N₂₁）补足。

5．    所选定序列中，G和C的数目的总和在总数（23）的35-55%.

6．    满足以上1-5项要求的片段数目如果不足四个，将G和C的数目的总和放宽至总数（23）的30-70%.

7．    选好上述序列后，以此确定所需合成双链RNA  oligo 的序列如下：

8．    正义序列 （N₁₉）TT 与上述选定的23 个碱基序列中的第3-23个碱基相同

9．    反义序列的3’----5’ 的序列与目标序列中的第1-21个碱基互补， 即A变成T，C变成G， T变成A， G变成C。

10． 将反义序列3’----5’ 改写成 5’----3’.

11． 将最后所得序列中除3’- 末端的两个碱基之外的所有碱基中的T都用U来替代。 最后每三个组成一个字节，中间断开。

12． 将所选定的正义序列和反义序列与gene  bank 中已知同物种的基因序列进行比较，确定其唯一性（BLAST）

13． 上述 7-10 项可见如下例子：

假如通过1-5 项的条件选出的一段23 个碱基的序列是

5’-  AAGCTAGTCATGGCCATTGACTT  - 3’

正义序列就应该是：          5’-     GCTAGTCATGGCCATTGACTT  - 3’

反义序列就应该是:       3’-    TTCGATCAGTACCGGTAACTG  -5’

反转处理后即得：

正义序列：                         5’-     GCTAGTCATGGCCATTGACTT  - 3’

反义序列：                         5’-     GTCAATGGCCATGACTAGCTT  -3’

U替代T以后得到：

正义序列：                         5’-     GCUAGUCAUGGCCAUUGACTT  - 3’

反义序列：                         5’-     GUCAAUGGCCAUGACUAGCTT  -3’

段开字节后最后得到：

正义序列：      5’-      GCU  AGU  CAU  GGC  CAU  UGA  CTT  - 3’

反义序列：      5’-   GUC  AAU  GGC  CAU  GAC  UAG  CTT  -3’