RNA 的完整性可以通过琼脂糖变性电泳分析检测,而含量则通过紫外分光光度计确定。常见的变性电泳有甲醛变性电泳，戊二醛变性电泳等。
3.1 甲醛变性电泳检测RNA完整性
一、材料、试剂和仪器
1 材料: 植物总RNA 5-10μg
2 试剂:
1）加样运载缓冲液（Loading buffer）
50% 甘油
1mmol/L EDTA (pH 8.0)
0.25%溴酚蓝
25%二甲苯氰FF
2）10×TAE Buffer
3）5×甲醛凝胶电泳缓冲液：
0.1mol/L MOPs (pH7.0)
40mmol/L乙酸钠
5mmol/L DETA(pH8.0)
4）甲醛, 甲酰胺
3 仪器: 电泳装置，紫外透射观测仪
二、实验程序
1 甲醛变性的琼脂糖(Agarose) 凝胶的配制
在250mL的锥形瓶中准确称量2g Agarose （Sigama），再加20mL 10×TAE Buffer，144mLDEPC处理过的双蒸水，微波炉中化胶，待冷却至50-60℃加EB至终浓度≤0.5μg/mL。在通风橱中加入36 mL甲醛，放置一段时间以减少甲醛蒸汽。
2 RNA的甲醛变性电泳
1） 样品制备
RNA总量10μg
5×甲醛凝胶电泳缓冲液4μl
甲醛 3.5μl
甲酰胺10μl
加入无菌离心管中混合，95℃水浴变性2min(或55℃,15min)，取出后放入冰中冷却。
2） 加入2μl无菌的DEPC处理的加样运载液。(使用加样运载液的目的有三: 增大样品密度, 以确保DNA均匀进入样品孔内; 使样品呈现颜色, 便于加样操作; 能明确显现样品在电泳胶上的泳动位置. 以 0.5 X TBE作电泳液时, 溴苯酚在琼脂糖中的泳动速率与长 300 bp 的双链线状DNA相同 , 而二甲苯氰FF 的泳动速率与长 4kb 的双链线状DNA相同)
3）将胶板浸没在1×甲醛凝胶电泳缓冲液中，点样前5V/cm预跑5min。点
样后3-4V/cm电泳。
4）电泳结束后（溴苯酚蓝迁移到约8cm处），紫外灯下观察, 照相。
3.2 RNA含量和纯度的测定
一、材料，试剂和仪器
1 材料: 待检测的RNA样品
2 试剂: DEPC-H₂O
3 仪器: 紫外分析仪，石英比色杯