酶切反应条件如下：在20 µl PCR产物混合体系中加入5U的内切酶，按相应的反应温度温育1小时。通常20 µl PCR产物体系中含有1 µg底物DNA，1单位的Vent DNA聚合酶，1× ThermoPol Buffer [10 mM KCl， 20 mM Tris-HCl （PH 8.8@25°C），10 mM (NH₄)₂SO₄, 2 mM MgSO4和0.1% Triton X-100]，以及终浓度为200 µM的dNTPs。表中标记有*的内切酶在酶切反应前需加入NaCl（终浓度为100 mM）或相应的10× NEBuffer（1×终浓度）。

注意：在非最佳条件下进行酶切反应容易出现星号活性。要避免星号活性或希望取得更好的酶切效果，则需用乙醇沉淀纯化DNA，再将其溶解于相应的酶切缓冲液。此外，如果使用不纯的DNA聚合酶，会因其中混有其它核酸酶而影响整个反应结果。

+++表示完全切割；++表示约50%被完全切割；+表示约25%被完全切割。

酶	在反应物中的活性
Aat II	+ + +
Acc I	+
Acc65 I	+ +
Aci I	+ + +
Acl I	+ +
Afl II	+ + +
Afl III	+ +
Age I	+ + +
Ahd I	+ +
Alu I	+ + +
Alw I	+ +
AlwN I	+ +
Apa I	+ ++
ApaL I	+ + +
Apo I	+ +
Asc I	+ + +
Ase I	+
Ava I	+ + +
Ava II	+ +
Avr II	+ + +
Bae I	none
BamH I	+ + +
Ban I	+ + +
Ban II	+ + +
Bbs I	+ + +
Bbv I	+ +
Bcg I	+ +
BciV I	+ +
Bcl I	+ + +
Bfa I	none
Bgl I	+
Bgl II	+ + +
Blp I	+ + +
Bmr I	+ + +
Bpm I	+ +
Bsa I	+
BsaA I	+ + +
BsaB I	+ +
BsaH I	+ + +
BsaJ I	+ + +
BsaW I	+ +
BseR I	+ + +
Bsg I	+ +
BsiE I	+ +
BsiHKA I *	+ +
BsiW I	+ +
Bsl I	+ +
Bsm I	+ + +
BsmB I	+ +
BsmF I	+ +
BsoB I	+ + +
Bsp1286 I	+ + +
BspD I	+ +
BspE I *	+ + +
BspH I	+ +
BspM I	none
Bsr I	+ + +
BsrB I	+ + +
BsrD I	+ +
BsrF I	+ +
BsrG I	+ +
BssH II	+ +
BssK I	+ +
BssS I	+ + +
BstB I	+ + +
BstE I	+ + +
BstN I	+ +
BstU I	+ +
BstX I	+ + +
BstY I	+ +
BstZ17 I	+ +
Bsu36 I	+ + +
Btg I	+ + +
Bts I	+ + +
Cac8 I	+ + +
Cla I	+ +
Dde I	+ + +
Dpn I	(none, requires methylated substrate)
Dpn II	+ + +
Dra I	+ +
Dra III *	+ + +
Drd I	+ +
Eae I	+ + +
Eag I	+
Ear I	+ + +
EcoN I	+ +
EcoO109 I	+ + +
EcoR I	+ +
EcoR V	+ + +
Fnu4H I	+ + +
Fok I	none
Fse I	+ + +
Fsp I	+ +
Hae II	+ + +
Hae III	+ + +
Hga I	+ + +
Hha I	+ +
Hinc II	+ +
Hind III	+ + +
Hinf I	+ +
HinP1 I	+ + +
Hpa I	+ + +
Hpa II	+ + +
Hph I	+ + +
Kas I	+ + +
Kpn I	+ + +
Mbo I	+ +
Mbo II	+ + +
Mfe I	+ +
Mlu I	+ +
Mly I	+ + +
Mnl I	+ + +
Msc I	+ +
Mse I	+ +
Msl I	+ + +
Msp I	+ + +
MspA1 I	+ + +
Mwo I	+ +
Nae I	+
Nar I	+ +
Nci I	+ +
Nco I	+ + +
Nde I	+ +
NgoM IV	+ +
Nhe I	+ +
Nla III	+ + +
Nla IV	+ + +
Not I	+ + +
Nru I	+ +
Nsi I	+ + +
Nsp I	+ + +
PaeR7 I	+ +
PflF I	+ +
PflM I	+ +
Ple I	+ +
Pme I	+ +
Pml I	+ +
PpuM I	+ +
PshA I	+ +
PspG I	+ +
Pst I	+ + +
Pvu I	+ +
Pvu II	+ + +
Rsa I	+ + +
Rsr II	+ +
Sac I	+ +
Sac II	+ + +
Sal I *	+
Sap I	+ +
Sau3A I	+ + +
Sau96 I	+ +
Sca I	+ +
ScrF I	+ + +
SexA I	none
SfaN I	+ +
Sfc I	+ + +
Sfi I	+ + +
Sfo I	+ + +
SgrA I	+ + +
Sma I	+ +
Sml I	+ + +
SnaB I	+ +
Spe I	+ + +
Sph I	+ + +
Ssp I	+ +
Stu I	+ +
Sty I	+ +
Swa I	+ + +
Taq I	+ +
Tfi I	+ + +
Tli I	+ + +
Tse I	+ + +
Tsp45 I	+ + +
Tsp509 I	+ + +
TspR I	+ +
Tth111 I	+ +
Xba I	+ + +
Xcm I	+ + +
Xho I	+ +
Xma I	+ +
Xmn I	+ + +