T-RFLP的主要原理与步骤大体如下：

　　1.提取DNA；

　　2.设计1-2对通用引物(主要根据16SrRNA基因)进行PCR扩增，（每对引物的1条5'端标记荧光);

　　3.产物纯化后,酶切.每组酶切产物中只有一条片段末端标记了荧光。

　　4.酶切产物通过毛细管电泳，或测序胶电泳，荧光扫描。

　　5.结果分析：每1个荧光峰至少代表1个细菌或几个近缘的细菌，峰面积可粗略认为与细菌在某一部位的微生态群落中的数量。